Не знаю насчет jitterа, но у меня щелчки появляются по совсем другой причине.
Ранее между Dvd Toshiba 210 и ресивером HK5500 стоял цифровой кабель Profigold 481. После перестановки аппаратуры длины кабеля стало не хватать и я использовал обычный видеокабель, идущий в комплекте к Toshiba (2м).
Разницы в звучании я так и не обнаружил, сколько не тестил. Но дело в другом. Иногда в звуке появляются щелчки или полное пропадание сигнала (где-то раз в неделю). Помогает простое подергивание контактов. На сколько я могу понять здесь проблема совсем не в рассинхронизации, а просто в некачественном кабеле. Может Yaroslaw Вы просто слышите свой кабель?