Конечно по цифровому входу качественнее получится запись. Если по аналоговому, то еще добавляется преобразование сигнала от АЦП, что ухудшает качество (ну это для тех, кто молод и имеет хороший слух, я например в силу возраста уже не различаю разницы).
По поводу что лучше использовать coaxial или optical, то теоретически разницы не должно быть. Но по отзывам кому-то больше нравится коаксиал, а кому-то оптика.