mp3 без перекодировки - mp3DirectCut (отрезать ненужное, сделать нарастание/затухание или даже поднять уровень - легко; причём, сама прога покажет - насколько он занижен относительно 0 дб... но вырезать кусок из mp3 не "с краю" - очень неудобно, "шаг" у кодека mp3 слишком большой - в этой ситуации мне проще способом, описанным ниже про флак - только в этом случае снова в mp3 жать нет смысла).

Флак проще разжать, затем в wav порезать Steinberg Wavelab (предпочитаю версию 6), если смикшировать - Adobe Audition. А потом снова во флак или апе (или что угодно) пожать.