На свой страх и риск.
В сервис-мануале кстати теже сказано о том что после сброса сервисного меню надо заново настраивать аппарат при помощи специального минидиска. О дублировании и считывании EEPROM я там ни разу не читал.
Так что повторюсь, все только на свой страх и риск!

И кстати этих EEPROM этих в деке может быть несколько (один в минидиск транспорте, другой в общей плате, третий еще где). Короче каждый модуль может иметь свою прошивку. А потом придется это все между собой согласовывать.
Что-то мне подскажет, что восстановление EEPROM из бэкапа вам не поможет...