Да конвертировать.
Тем более что FLAC это сжатый архив от WAV по-сути, который разжимается программными плеерами на лету во время воспроизведения.
Я для конвертации использую программу Easy CDDA Creator. У нее есть отличный встроенный конвертер.
Но прежде надо разрубить FLAC-альбом на отдельные дорожки (песни) - это делает программа CUE Splitter (не забудьте для ее работы уставновить в систему плагин Monkey audio)