1. Нет
2. Нет.
3. Да. Дело в разной степени сжатия. Но флаки - это сжатие без потерь. Просто можно сжать сильнее, а можно слабее. Но повлияет это не на качество, а не время нужное для сжатия.
Насчёт "Возьмём к примеру 12 песен на диске образ во FLAC-е занимает 265 мег, другой точно такой же 12 песен во FLAC-е занимает 560 мег. " - это странно. В 2 раза не должно быть. Максимум на 1\3. Или это разные всё же диски? Может у них просто время звучания отличается.