Разница плееров в различиях кодеков, всяких там обработчиков, наличии возможных передискретизаций и т.д.
Нужно это может быть для удобства работы надстроек эффектов и т.д.. Например эквалайзер как настройка сделан тупо для работы только с 192кгц, вот оно все перегоняет под него, обрабатывает, затем перегоняет обратно. Где-то я не про одну прогу читал что так делают.
Это теория, ибо правду мы врядли от авторов узнаем, но так как разницу между "менее аудиофильскими" плеерами слышат многие то видимо риск всего этого есть.
Сplay вполне может не имея всего этого выводить все "прямо и тупо" чем и давать иное качество, хотя я так пока и не понял что означают установки семплинга и прочие...
Софт - страшная штука, его не так часто пишут для качества, а часто для удобства программистов