Вряд ли какие-либо из широко распространенных кодеков что-то портят во FLACе при кодировании или декодировании. Сравнивать надо код семплов звукового потока, например, в аудиоредакторе Sound Forge. И почти наверняка этот код будет одинаковым. А разные размеры файлов могут быть связаны с метаданными, то есть, доп.информацией, сопровождающей звуковой файл. Метаданные
разные кодеки могут записывать в разном формате и размере.