Сколько копий сломано на эту тему на многих форумах: flac-wav-aiff, а воз и ныне там.
Теоретически - flac при воспроизведении всегда разжимается в wav. Поэтому разжимать свои flac-и в wav-ы вроде как нет смысла. Тем более, что в них (теоретически) побитово всё совпадает.
С другой стороны, при воспроизведении flac плеер тратит ресурсы (шумит по питанию больше). Но здесь можно возразить, что ресурсы эти - мизерные: средний процессор ПК при этом загружен на пару процентов (!) всего-навсего.
Кроме того, на практике оказывается, что разжимая один и тот же flac, у разных программ (и плееров) вдруг получаются разные wav-ы (с разными контрольными суммами). Правда и здесь дотошные камрады замечают, что основа файла - побитово совпадает, а разница в контрольных суммах вызвана лишь битами служебной информации в файле, которые разные проги прописывают по-своему. То есть разницы на самом деле нет.

Но если разницу в звучании flac и wav ещё как-то худо-бедно можно объяснить теоретически, то разница в звуке между wav и aiff (полученных из одного flac) - вообще за гранью логики. Ведь это по-сути один и тот же файл, у которых переставлены местами служебные данные (в одном случае - в начале файла, а в другом - в конце). Но тем не менее и разница между ними почему-то слышна.

Моё ИМХО, основанное на многих прослушиваниях flac-wav-aiff на разных версиях BlackOS-lite разных исполнителей с различных носителей (флешки, SSD+ЛБП, CF-карта+ЛБП и т.д.):
- flac звучит более жёстко, цифристо, но динамично;
- wav - мягкое звучание без цифристости, но бывает "слишком мягко". Однозначного фаворита в этих двух форматах я для себя так и не определил: в зависимости от альбома и жанра лучше оказывается то один, то второй.
- aiff для меня звучит лучше всего - звук более живой, с бОльшим эффектом присутствия и бОльшей глубиной сцены.
Для разработчиков BlackOS также лучшим является aiff.