В файле aplayer.ini есть секция [SACD]. В ней есть параметр asio_mode.
Его значение 0 означает, что в настройках выбран PCM вывод, 1 - DoP, 2 - Native.
Декодер DSD считывает это значение и им руководствуется.
Можно проверить, что там сохранено.
Я сейчас проверил в актуальной версии - режимы DSD переключаются. Когда включен Native DSD в панели плеера выводится частота 2.8MHz.
Но если включить DoP, будет выводиться частота PCM семплов, в которые упакован DSD поток. Для DSD64 это будет 176KHz.