arts312, если нет тишины между треками при выводе в DSD режимах треков SACD, то, скорее всего, не настроен нормально Gapless Mode. У меня в аналогичной ситуации тишина абсолютная, а от конкретных ISO никакой зависимости быть не может.
Что касается Sonore ISO2DSD, то для вывода одним файлом там надо поменять Output mode в настройках с Philips DSDIFF на DSDIFF Edit Master.