Из личного опыта использования сетевого плеера (самодельный, "по мотивам" Logitech Squeezebox) и "исследования" различных медиа-серверов, могу сказать, что фонотеку всё равно придётся "готовить".
Я то же сначала пытался найти универсальный софт, который "понимает" "все на свете" комбинации форматов аудиофайлов, CUE, образов диска и "нарубленных" потреково. И каждый раз вроде бы всё работало, но находилась пара-тройка альбомов, представление которых в медиатеке не устраивало. Автор рипа залепил кавер на пару мегабайт да ещё и не квадратный, да ещё и в каждый трек. Названия треков почему-то с номером в тексте названия и всё большими буквами. Метаданные в CUE и в аудиофайлах не совпадают. Чего только мне не попадалось!
Сейчас складываю альбомы в медиатеку, разделив их на треки, метаданные - в самих файлах, CUE не использую. После добавления очередного альбома, если нужно, рихтую метаданные соответствующим редактором.
В качестве редактора метаданных использую Mp3Tag, рублю альбомы на треки и перекодирую во FLAC при помощи XRECODE2
XRECODE, для того, что бы было удобно пользоваться, нужно немного понастраивать.