Удалось таки кардинально поуменьшить пульсации на входе U4. Как обычно китайцы всё оптимизировали По даташиту этого стаба на выходе его должен стоять строго определённый LC фильтр; L=4,7uH впаян как надо(индуктивность не проверял), С должен быть керамический X7R 4,7мкф - вместо этого на плате впаяны параллельно соединённые 22мкф+0,1мкф (рядом с U4). Впаял вместо них керамику 1206 X7R 4,7мкф и параллельно 1000пф+0,01мкф 0805 X7R, на вход стаба поставил керамику 100мкф 1210 X5R(тантал анал. емкости похуже был). Пульсации уменьшились как по входу так и по выходу 1В стаба(мультиметр HoldPeak HP-770D показал 1,0016В).
В качестве "профилактики" заменил всю штатную плёнку на керамику 10мкф+0,1мкф X7R 1206(Spdif 0,1мкф).
Осциллограммы(Instrustar ISDS220A): (1) то что получилось на входе, (2) выход после L, питание XMOS, (3) шумы на остальных конденсаторах платы, питание USB3.0, (4) выход стаба до L(до переделки) и (5) после неё.