В WAV файлы разных форматов распаковывают декодеры форматов, выполняемые в контексте процесса approxy. А играет ap2decoder, которому approxy до начала воспроизведения сообщает параметры оригинального файла, включая битрейт.
Разница в звучании в этом конкретном случае, возможно, объясняется внутренней установкой. Все-таки звук для нас создает мозг, а не уши.
Возможное объективное различие - при воспроизведении сжатого формата в начале Full Memory воспроизведения процессор будет сильнее разогрет, чем при воспроизведении чистого WAV. Но он быстро остынет.