Да при чём тут CD? Зачем всё валить в одну кучу? CD-DA уже миллион раз обсуждалось. Там нет данных, там нет секторов с посекторными или пакетными контрольными суммами. Там всё другое и не нужно это другое путать и подсовывать к обмену между насителями, накопителями, памятью и прочим. Если вас послушать, то и программы переданные через сеть, скачанные из интернета, скопированные с флешки должны работать иначе и по разному и тем более не так, как полученные в конверте или боксе на диске.
Получается винда, установленная с оригинального диска будет работать быстрее и правильнее, чем её копия с USB флешки.
Жги те дальше.