Если просто перезаписывать файлы .ap2 с существующими именами, то при смене плейлиста в веб-интерфейсе будет загружаться новое содержание и сейчас. Только если не менять выбор после вызова списка плейлистов, обновления не будет. Но это решаемая проблема:
если в файле aplayer.js из папки web удалить строку 109
if (PlaylistIndexNew != PlaylistIndex)
то обновляться будет и текущий плейлист.