APE гораздо требовательнее к ресурсам, чем FLAC. Коэффициенты сжатия у них практически одинаковы.
Мне лично FLAC удобнее также по другой причине - его можно загрузить напрямую в iPod, а с обезьяной нужно возиться.
В принципе, конечно, не существенно. В конце концов то, что очень понравилось всё равно возьму на фирменном носителе.