В версиях usb полная совместимосить вниз (т.е. флешка usb3 прочтется портом usb1 и наоборот), так что причина в чем-то другом. Но и не в ntfs, так как в инструкции все верно, должен видеть и читать.

Попробуйте «форматнуть» флешку.