Влияет, причем почему-то АС с фазоинвертором заметнее реагируют.
Может еще потому что для катушек важно идет ли сигнал из середины к краям или наоборот?
Ну и само собой - если провод (и катушки - тоже провод) долго играл в одном положении то смена направления движения сигнала повлечет за собой длительный период "перепрогрева"

Кстати, многие источники сразу имеют перевернутую фазу. Например - цап PS audio Digital Link III, многие владельцы в итоге переварачивали акустический кабель Где-то у меня была ссылка на статью где это раскопали...