1. Наличие в цифровом потоке шумов. Легко решается применением даже недорогих полупрофессиональных карт.
2. Синхронизация потока. Здесь лучшее решение это синхронизация звуковой карты компа самим ЦАПом либо внешним генератором. Но не все ЦАПы могут работать в слэйв режиме. Тогда нужен ЦАП с грамотно реализованым реклоком.
3. Искажение спектра сигнала из-за некачественного питания компа. На мой взгляд это самая интересная проблема. Наиболее разумным мне представляется вынос PCI карты наружу системного блока и запитка отдельным БП.
Их несколько здесь, измеряющих время звучанием (С)