На данный момент сделал следующие выводы.
Если звуковуха внутри компа в большинстве случаев влияет зависимость от внутреннего клока компа. Потом уже винда.

Но почему же внешние юсб карты тоже зависят? Ведь при записе в nuendo разницы между оригиналом и исходником не было.

После некоторых тестов запали подозрения на некоторые файлы, которые я заподозрил в предварительной обработке именно когда система знает что файл только будет переведен в PCM и подан на ЦАП, т.е. при классическом проигрывании.
Так, если используется nuendo, то при простой записи по цифре используя ASIO в потоках процесса nuendo отсутствуют несколько dll файлов. Такие как quartz.dll,.... qcap.dll и еще несколько. Если прогу закрыть и открыть заново и просто проиграть файл через asio то в потоках они уже присутствуют.
Кроме того в сборке sonyape многие из них (не все) отсутствуют. Возможно эти библиотеки используются для компрессии звука, чтобы выравнять самые громкие и тихие звуки, а так же для некоторых других целей именно перед выводом на цап. Некоторые фильтры (их dll), отвечающие за directshow и т.п. присутствуют всегда.
Это пока предположение.