APE более ресурсоемкий при разжатии, чем flac и совершенно не поддерживается теми же стрим плеерами по причине лицензии (на сколько я знаю). Если при сжатии не использовать gain и подобные приблуды, что первый что второй полный аналог wav файла.
А вообще ветка - все по спирали

По теме: "lossy - это зло!" - lossy это реальность