Ну и совсем радикальный, но действенный метод: засыпать пустоты под деревянным настилом прокаленным песком. Засыпать так, чтобы настил набивался на лаги вплотную, прессуя собой песок. Не знаю как более точно объяснить.
А так, да, ковер. Он слегка заглушит призвуки пола. Но саму проблему не устранит.