Потому и маленькие, что хотели вентиляторами обойтись. А еще подозреваю, что под радиаторами находится плата, а не вентиляционная решетка, что ухудшит охлаждение. Раз при снятии верхней крышки проблема снижается, попробуйте третий вентилятор добавить. А чтобы снизить влияние оконечника по питанию, добавьте емкости электролито в питании.