Roman,
Багрепорт начинается отсюда.
С конфигом, вроде, всё нормально. Кстати, попробуйте "AllowVirtualLock=1" (улучшит звук).
Я не знаю, что делает FillValue, но в режиме ASIO у меня устанавливается значение "-1" (автор сказал, что это отключает данную функцию).
Переустановка оси вряд ли поможет. Как и другие версии sox, ffmpeg (тем более, судя по конфигу, они у вас не используются для flac).
Потрековые flac у меня переключает назад, а вот в образе (с cue) - нет.
Да, кстати, вспомнил кое-что насчёт папок. Плеер не воспринимает папку, если в её имени есть украинская буква "і" (если если в папке есть файл с данным символом). Причём, с отдельными файлами всё нормально (в т.ч. добавление в плейлист по совету alexsandr).
И еще, кое-что интересное для юзеров asio4all, asio2ks (конечно, не древняя бэта, а 1.01) и, наверное, прочих "фальшивых" (а, может, и настоящих также) asio. Плеер с версии 0.2.2 plus научился делать ремаппинг каналов. Так вот, если у вас не задействованы все каналы (звук не 7.1), часть нужно отключить, иначе это будет здорово "мазать" звук. Вот, например, настройка в StealthAudioPlayer.ini для систем 2.0/2.1