В общем случае:
Звук с CD лучший без регулирования громкости выхода. Если моторизированный резистор, как в старых сидюках, то ещё куда ни шло, а электронный регулятор выхода хуже.
Вход уся "CD Direct Amp" - наиболее короткий путь сигнала.

Но, так как у Вас CD и усь из одной линейки, то, возможно, и результат подключения по Main In будет интересным. Надо пробовать, что Вам больше понравится. (Только не забудьте убрать громкость на сидюке на минимум заранее).
ЗЫ. Ямаху СДХ596 не пробовал, но по опыту с СД Техникс-770 помню 2 важных момента:
1) При электронном регулировании громкости моментально терялся "воздух" (намного заметнее, чем при отключении кнопки "CD Direct Amp" на усе).
2) Сидюк "не запоминал" положение электронного регулятора громкости. При последующем включении громкость была всегда 100% - есть большая вероятность забыть об этом и включить прослушку на полной мощности усилителя (если подключено на Main In).